건설교통부 철도정책팀 관계자는 "철도의 여객과 화물 분리를 재추진하는 것이 아니라, 2003년 시설과 운영을 분리할 때부터 다음단계로 검토해 왔다"고 말했다. 하지만 건교부가 인수위 업무 보고 내용에 연내에 기본계획 수정을 명시한 것은 사실상 여객과 화물분리를 재추진고 있음을 시인한 것이나 다름없다.
민영화가 사실상 재추진될 경우 현재 철도공사를 여객과 화물로 분할해 곧바로 매각하거나, 단계적으로 민영기업 진입을 허용해 경쟁체제를 만들어 장기적인 민영화로 나갈 수도 있다. 건교부가 민영화 의도를 부인하는데도, 인수위 보고서에 경쟁체제 도입을 명시한 것은 이를 뒷받침 하고 있다.
철도 민영화 재추진은 2010년 완료되는 대구-부산간 경부고속철도 공사를 고려해 수익성이 좋은 분야에 민영기업 진입을 허용하려는 의도라는 분석도 나오고 있다. 고속철도 연장공사가 마무리되면 일반 열차와 고속열차가 혼용했던 기존 대구-부산구간의 화물이동과 여객이동은 모두 빨라지게 된다. 따라서 수익성이 늘어난 고속열차 여객과 화물을 분리해 민간 시장진입을 허용하고, 기존의 새마을호와 무궁화호만 철도공사가 관할할 수 있다는 전망도 나오고 있다.