운수노조는 높은 산업적 연관성, 강력한 물리력과 파급력, 대부분의 투쟁이 대정부 투쟁으로 귀결된다는 점, 다년간의 업종산별 경험의 축적이라는 장점이 있으나 운수노조 전환이후 과도기의 장기화, 철도-화물공투의 실패에 따른 후과 등으로 산별노조 원년에 많은 한계를 노출했다.
이에 2008년 이명박 정부의 출범과 운수노조 내부의 낮은 주체적 준비정도를 감안해 3대 사업목표와 이에 따른 구체적인 사업을 진행할 계획하고 있다.

첫째, 2008년 산별교섭과 투쟁의 쟁취이다.
운수노조가 산별노조로 그 위상을 분명히 하기 위한 4대범주별 교섭의 쟁취와 이를 위한 투쟁을 전개해 나가는 것이다. 운수공공성, 생존권쟁취, 제도개혁 요구 쟁취를 주요의제로 하는 대정부 중앙교섭 통일, 핵심지역을 중심으로 지방자치제 교섭 쟁취, 산별 기본협약과 사용자의 사회적 책임을 강제하는 업종별 중앙교섭 및 대각선 교섭 추진, 그리고 기업별 협약의 통일을 위한 사업장 교섭을 전개하는 것이다. 이를 위해 상반기 임단협 시기 집중 및 제도개악 저지투쟁, 하반기 제도개선 총력 투쟁 등 5만이 함께하는 총력투쟁을 준비하고 전개해 나가는 것이다.

둘째, 산별조직으로 사업체계를 구축하는 것이다.
운수노조를 산별조직으로 내부를 강화하기 위한 것으로 미비한 규정의 제정 및 조직체계, 직제변경 등을 통해 과도기를 청산해 나가는 것이다. 그 방안으로 조합비 통일 등을 통한 산별적 재정원칙 및 토대확립, 업무통합을 통한 집행체계 강화, 지역본부(준) 건설과 지역본부로의 발전을 통한 산별골간 체계의 확립, 그리고 공공운수통합산별(공공노조, 운수노조, 공공운수연맹)을 준비하는 것을 핵심 사업으로 전개해 나갈 것이다.

셋째, 명실상부한 운수노조로 거듭나기 위해 조직확대를 이뤄내는 것이다.
부산지하철 등 미전환 조직의 전환, 5%대의 운수노조 조직점유율을 제고하는 미조직 비정규노동자의 조직화, 각 업종별 조직확대, 공항철도, 해상관련 등 새로운 영역으로의 조직 확대 사업 등을 전개해 진정한 100만 운수산별의 토대를 구축하는 것이다.